Der starke Kämpfer Samurai Jack wird von einem bösen Dämon namens Aku bei einem Kampf in eine ferne Zukunft geschickt. Unermüdlich versucht Jack, ein Zeitportal zu finden, das ihn in seine bisherige Gegenwart zurückbringen könnte. Zudem muss er erkennen, dass Aku auch in der Zukunft regiert und die Erde zu einem schrecklichen Ort gemacht hat, in dem die Menschen unter seiner Herrschaft leiden.
Jack stößt auf eine kleine Armee aus 300 Männern, die gegen eine gigantische Roboterarmee kämpft, und beschließt zu helfen.