Finch, Reese, Shaw und Root mussten nach der Aktivierung der KI Samaritan untertauchen und abgeschnitten von den anderen Teammitgliedern neue Identitäten annehmen. Samaritan beginnt derweil ihre Vorstellung einer besseren Gesellschaft umzusetzen - um jeden Preis. Derweil beauftragt Greer die Decima-Agentin Martine Rousseau auf der Jagd nach dem Team, alles auszuschalten, was Samaritan gefährlich werden könnte.
Ab 6.9. mittwochs ab 20:15 Uhr je 3 Episoden am Stück